運輸合同糾紛的認定主要依據(jù)以下幾個方面：

1. 合同條款：首先要審查運輸合同的具體條款，包括貨物的種類、數(shù)量、質(zhì)量、運輸方式、運輸期限等內(nèi)容。如果合同中的規(guī)定明確而清晰，雙方應依照合同條款執(zhí)行。

2. 合同履行：對運輸合同的履行情況進行詳細調(diào)查，包括貨物的運輸情況、交付時間和方式、貨物損壞與丟失情況等。如果合同的履行過程中存在違約行為，如未按時交付貨物或沒有采取充分的保護措施導致貨物損壞等，可以認定為違約。

3. 證據(jù)呈現(xiàn)：追蹤運輸合同履行過程中的相關(guān)證據(jù)，包括合同、物流單據(jù)、交付憑證、貨物狀況證明等。當有爭議時，雙方可以提供證據(jù)來證明自己的主張。

4. 法律規(guī)定：依據(jù)相關(guān)法律法規(guī)，如《中華人民共和國合同法》、《中華人民共和國民法典》等，結(jié)合具體情況來認定責任歸屬。

運輸合同糾紛的認定是一個復雜的過程，需要綜合考慮合同條款、履行情況和法律規(guī)定等多種因素。在解決合同糾紛時，可以選擇與對方溝通協(xié)商解決，或者向相關(guān)仲裁機構(gòu)或法院提起訴訟，根據(jù)具體情況采取合適的解決方式。