公司合同糾紛可以通過以下的步驟進行仲裁：

1. 協(xié)商解決：首先，當公司合同發(fā)生糾紛時，雙方可以通過協(xié)商解決試圖達成和解。雙方可以坐下來討論問題、澄清爭議并尋找解決方案。如果雙方能夠就爭議的問題達成共識，可以通過簽署協(xié)議書來解決問題。

2. 調(diào)解：如果協(xié)商無法解決爭議，雙方可以嘗試通過調(diào)解解決糾紛。調(diào)解是指請第三方中立人協(xié)助雙方就合同糾紛進行調(diào)解，幫助雙方找出共同的利益點并達成和解協(xié)議。調(diào)解可以減少訴訟的時間和費用，并且保護企業(yè)的商譽。

3. 仲裁：如果協(xié)商和調(diào)解未能解決糾紛，雙方可以選擇通過仲裁解決糾紛。仲裁是一種非訴訟的爭議解決方式，由雙方共同選擇一名獨立的仲裁員或仲裁團來裁決爭議。仲裁可以根據(jù)當?shù)胤珊头ㄒ?guī)進行，仲裁裁決具有法律效力，并且可以在法院強制執(zhí)行。

4. 訴訟：如果仲裁未能解決糾紛，雙方可以選擇將糾紛提交給法院解決。訴訟是指將糾紛提交給法院進行審理和判決。在訴訟過程中，雙方需要雇傭律師，出庭參加庭審，并提供證據(jù)和辯護。法院將根據(jù)法律和證據(jù)做出判決，并發(fā)出判決書。

在處理公司合同糾紛時，最好的方式是盡可能通過協(xié)商、調(diào)解或者仲裁來解決問題，以避免長期的訴訟爭端和不必要的費用支出。