處理工程簽證合同糾紛的方法通常包括以下幾個步驟：

1. 了解合同條款：仔細研讀合同條款，包括簽證程序、費用支付規(guī)定、工程變更程序等，確保對雙方的權(quán)利和義務(wù)有清晰的理解。

2. 協(xié)商解決：雙方可以通過協(xié)商談判的方式解決爭議?？梢匝埖谌街俨没蛘{(diào)解機構(gòu)參與，以中立的立場提供解決方案，幫助雙方找到共同滿意的解決方案。

3. 申請仲裁或訴訟：如果協(xié)商解決無果，雙方可以通過申請仲裁或起訴來解決爭議。在仲裁或訴訟過程中，雙方需要準備好相關(guān)的證據(jù)材料，例如合同文件、簽證申請和審批記錄等。

4. 判決執(zhí)行：一旦仲裁機構(gòu)或法院作出判決，雙方必須按照判決執(zhí)行。如果一方不履行判決結(jié)果，可以采取強制執(zhí)行的措施來保護自己的權(quán)益。

在處理工程簽證合同糾紛時，建議各方保持冷靜，并尋求專業(yè)法律意見。及時采取相應(yīng)的措施，以避免爭議進一步升級，保護雙方的合法權(quán)益。