企業(yè)合同糾紛起訴員工的程序一般包括以下幾個步驟：

1. 收集證據(jù)：首先，企業(yè)需要收集相關(guān)合同文件、通信記錄、支付憑證等證據(jù)，以證明員工違反了合同的約定。這些證據(jù)應(yīng)當(dāng)充分、確鑿，并能夠清楚地證明員工的違約行為。

2. 協(xié)商解決：在起訴之前，企業(yè)可以嘗試通過與員工進(jìn)行溝通和協(xié)商來解決糾紛。可以與員工進(jìn)行面談，盡量達(dá)成和解協(xié)議，并簽署書面協(xié)議以確保協(xié)議的有效性。如果協(xié)商失敗，企業(yè)可以繼續(xù)進(jìn)入起訴程序。

3. 起訴準(zhǔn)備：企業(yè)在起訴員工之前，需要準(zhǔn)備起訴狀及相關(guān)證據(jù)文件。起訴狀應(yīng)包括案件的基本事實(shí)、請求以及所依據(jù)的法律依據(jù)等。同時，需要將證據(jù)文件整理齊全，確保在法庭上能夠充分證明員工的違約行為。

4. 提起訴訟：企業(yè)可以通過律師代理或自行向法院提起訴訟。在起訴狀中，企業(yè)需明確標(biāo)明被告是員工及其違約事實(shí)，并附上相關(guān)證據(jù)。隨后，法院將受理并立案，通知被告員工參加訴訟。在法庭上，企業(yè)需要提供證據(jù)并陳述事實(shí)，以證明員工違反了合同的約定。

5. 庭審及判決：一旦訴訟進(jìn)入庭審階段，企業(yè)需要出席法庭，并跟隨法庭的指示進(jìn)行辯論和答辯。法院將根據(jù)雙方提交的證據(jù)和相關(guān)法律規(guī)定，最終作出判決。根據(jù)判決結(jié)果，員工可能需要承擔(dān)違約責(zé)任并賠償企業(yè)相應(yīng)的損失。

總之，企業(yè)在起訴員工之前應(yīng)當(dāng)確保有充分的證據(jù)來證明員工的違約行為。同時，與員工在起訴之前進(jìn)行協(xié)商解決是一種更為靈活、快捷的解決糾紛的方式。若協(xié)商失敗，則可以通過以上程序來起訴員工并維護(hù)企業(yè)的合法權(quán)益。