公司轉(zhuǎn)讓涉及的合同糾紛主要包括兩個方面：一是轉(zhuǎn)讓合同的履行問題，即新公司是否按照合同約定支付轉(zhuǎn)讓價款或者履行其他義務(wù)；二是與轉(zhuǎn)讓合同相關(guān)的第三方權(quán)益，比如供應(yīng)商、客戶等是否同意轉(zhuǎn)讓。

為了妥善處理公司轉(zhuǎn)讓的合同糾紛，有以下幾點(diǎn)建議：

1.明確合同條款：在公司轉(zhuǎn)讓前，雙方應(yīng)明確合同的轉(zhuǎn)讓條款，包括價格、履行義務(wù)、風(fēng)險責(zé)任等，確保各方權(quán)益得到保障。雙方可以通過書面形式簽訂轉(zhuǎn)讓協(xié)議，明確轉(zhuǎn)讓的細(xì)則和責(zé)任。

2.溝通協(xié)商：在出現(xiàn)合同糾紛時，首先應(yīng)該通過溝通和協(xié)商解決問題。雙方可以通過面談、電話等方式互相闡明自己的觀點(diǎn)和訴求，并尋求共同解決方案。

3.尋求第三方調(diào)解：如果雙方無法達(dá)成一致，可以尋求第三方的調(diào)解，比如請專業(yè)的律師或仲裁機(jī)構(gòu)介入，通過專業(yè)的媒介幫助解決糾紛。

4.訴諸法律：如果以上方式無法解決糾紛，可以考慮將爭議提交給法院，通過訴訟的方式解決糾紛。在法院處理時，雙方都應(yīng)提交相關(guān)證據(jù)，并遵守法院的裁決。

5.事前防范措施：為了避免合同糾紛的發(fā)生，在公司轉(zhuǎn)讓時，雙方應(yīng)該對涉及的合同進(jìn)行充分的盡職調(diào)查，并在轉(zhuǎn)讓協(xié)議中約定合理的違約責(zé)任和補(bǔ)償條款，以減少糾紛風(fēng)險。

總之，公司轉(zhuǎn)讓的合同糾紛需要雙方保持溝通和合作態(tài)度，通過合理的解決方式化解糾紛，以維護(hù)雙方的合法權(quán)益。在處理過程中，建議可以尋求專業(yè)的律師或者仲裁機(jī)構(gòu)的幫助，以確保糾紛得到公正的解決。