公司合同糾紛的賠償方式通常由合同中的違約條款、法律規(guī)定以及實際情況等綜合決定。下面是一些常見的賠償方式：

1. 經(jīng)濟賠償：經(jīng)濟賠償是最常見的賠償方式，通常涉及到合同約定的違約金、賠償金等。違約方應(yīng)根據(jù)合同約定承擔(dān)相應(yīng)的經(jīng)濟賠償責(zé)任，賠償金額應(yīng)根據(jù)實際損失進行計算。如果合同中沒有約定具體的違約金和賠償金數(shù)額，可以參考類似合同中的慣例或者由法院根據(jù)實際情況進行裁決。

2. 履行義務(wù)：如果一方違約，另一方可以要求其履行合同義務(wù)，使合同能夠按照約定的方式完成。這通常適用于有實際價值的合同，例如商品交易、服務(wù)提供等。違約方應(yīng)按照合同約定的方式和時間履行義務(wù)，以保證合同的有效履行。

3. 修復(fù)損失：在某些合同糾紛中，除了經(jīng)濟賠償和履行義務(wù)外，還可以要求違約方修復(fù)因違約造成的損失。例如，如果一家公司未按照約定提供質(zhì)量合格的產(chǎn)品給另一家公司，另一家公司可以要求違約方修復(fù)產(chǎn)品或者提供替代產(chǎn)品，以實現(xiàn)合同約定的目的。

4. 賠禮道歉：在一些特殊情況下，賠禮道歉也可以作為賠償方式之一。賠禮道歉可以表明違約方的錯誤和歉意，同時也可以緩解合同糾紛造成的矛盾和緊張氣氛。當(dāng)然，賠禮道歉僅僅是一種表達歉意的方式，不能替代其他實際的賠償方式。

總之，在公司合同糾紛中，賠償方式應(yīng)根據(jù)合同約定、法律規(guī)定以及實際情況綜合考慮，以實現(xiàn)公平合理的賠償結(jié)果。對于無法自行協(xié)商解決的合同糾紛，當(dāng)事人可以選擇訴諸法律程序，由法院根據(jù)相關(guān)法律規(guī)定進行裁決。