工程合同糾紛是指在工程項目的合同履行過程中，由于一方或雙方未履行合同義務(wù)或履行不完全，導(dǎo)致產(chǎn)生爭議和糾紛的情況。處理工程合同糾紛需要遵循一定的程序和原則，以下是具體辦法：

1. 協(xié)商解決：首先，雙方應(yīng)當(dāng)通過協(xié)商的方式解決合同糾紛。雙方可以聘請專業(yè)人士進(jìn)行調(diào)解或進(jìn)行會談，以達(dá)成共識并盡快解決爭議。

2. 仲裁：如果協(xié)商解決失敗，雙方可以選擇仲裁來解決工程合同糾紛。雙方可以根據(jù)合同約定選擇相關(guān)仲裁機(jī)構(gòu)進(jìn)行仲裁。仲裁機(jī)構(gòu)會組織專業(yè)仲裁員對雙方的爭議進(jìn)行審理，并作出裁決。

3. 訴訟：如果仲裁不成功，雙方可以選擇將合同糾紛提交法院進(jìn)行訴訟。雙方應(yīng)當(dāng)聘請律師代表自己，并準(zhǔn)備充分的證據(jù)，以支持自己的主張。法院會依法審理案件，并作出判決。

無論采取哪種方式處理工程合同糾紛，雙方都應(yīng)遵循以下原則：

1. 合同約定原則：雙方應(yīng)根據(jù)合同約定來解決糾紛，不能隨意更改合同條款，并要充分遵守合同義務(wù)。

2. 誠實信用原則：雙方應(yīng)遵守商業(yè)道德，保持誠實守信的態(tài)度，不得故意違約或欺騙對方。

3. 公平原則：雙方在解決糾紛時應(yīng)保持公平公正的原則，不能強(qiáng)求對方或濫用權(quán)利。

4. 證據(jù)原則：雙方應(yīng)提供充分的證據(jù)來支持自己的主張，證據(jù)應(yīng)合法、有效、真實。

5. 相互尊重原則：雙方在解決糾紛時應(yīng)相互尊重對方的權(quán)益和合法權(quán)利，以達(dá)到和諧共贏的目標(biāo)。

綜上所述，處理工程合同糾紛需要充分重視雙方的合同約定和權(quán)益保護(hù)，并遵循協(xié)商解決、仲裁和訴訟三種方式，同時遵守合同約定原則、誠實信用原則、公平原則、證據(jù)原則和相互尊重原則，以達(dá)到公正解決糾紛的目的。