工程合同糾紛時(shí)效的認(rèn)定是根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)和司法解釋來確定的，一般分為訴訟時(shí)效和請(qǐng)求時(shí)效兩個(gè)方面。

訴訟時(shí)效是指從權(quán)利人知道或者應(yīng)當(dāng)知道權(quán)利受到侵害之日起，到權(quán)利人提起訴訟之日止的期限。在民事訴訟中，根據(jù)《中華人民共和國民事訴訟法》的規(guī)定，一般的訴訟時(shí)效期限為三年，即在該合同履行完畢之日起三年內(nèi)，權(quán)利人可以通過訴訟方式維護(hù)自己的合法權(quán)益。但是，對(duì)于建筑工程合同糾紛來說，由于工程的特殊性，一般認(rèn)為訴訟時(shí)效期限較長(zhǎng)，實(shí)際上常用的建筑工程合同訴訟時(shí)效期限為五年。

而請(qǐng)求時(shí)效是指權(quán)利人要求確定權(quán)利的效力所必須的期限。根據(jù)《中華人民共和國民法總則》和《中華人民共和國民事訴訟法》的規(guī)定，一般請(qǐng)求時(shí)效期限為二年，即自權(quán)利人知道或者應(yīng)當(dāng)知道權(quán)利受到侵害之日起二年內(nèi)，要求對(duì)方履行或者償還的權(quán)利的請(qǐng)求權(quán)利人未行使請(qǐng)求權(quán)利的，被請(qǐng)求人可以以權(quán)利人不行使請(qǐng)求權(quán)利為由拒絕履行或者償還。但是對(duì)于建筑工程合同糾紛來說，請(qǐng)求時(shí)效期限較為特殊，根據(jù)《中華人民共和國建設(shè)工程質(zhì)量管理?xiàng)l例》的規(guī)定，要求工程質(zhì)量問題處理費(fèi)用的請(qǐng)求權(quán)自發(fā)現(xiàn)質(zhì)量問題起，自物業(yè)管理人員接受業(yè)主的管理工作起計(jì)算，但請(qǐng)求時(shí)效期限最長(zhǎng)不得超過十年。

總之，在工程合同糾紛中，訴訟時(shí)效和請(qǐng)求時(shí)效是權(quán)利人要維護(hù)自己權(quán)益的重要期限，在舉證和訴訟過程中需要嚴(yán)格掌握并遵守。