起訴疾控中心合同糾紛時，應依據(jù)合同法及相關法律規(guī)定采取以下步驟：

1. 收集證據(jù)：首先，要收集與合同糾紛相關的所有證據(jù)，包括合同文本、履行過程中的合同履行情況、交付文件、支付記錄、通信記錄等。這些證據(jù)將有助于確立自己的權益和證明疾控中心違反了合同的約定。

2. 確定訴訟主張：根據(jù)收集到的證據(jù)，確定自己的訴訟主張。比如，如果疾控中心未按合同約定提供服務，可以主張違約；如果疾控中心提供的服務不符合合同約定的標準，可以主張合同質(zhì)量缺陷等。

3. 尋求法律援助：如果自己沒有法律知識和經(jīng)驗，可以咨詢或?qū)で舐蓭煹膸椭?，以確保起訴過程合法合規(guī)。律師可以幫助整理證據(jù)、起草訴狀，并為自己提供法律建議。

4. 提起訴訟：準備好訴狀后，按照法院規(guī)定的程序?qū)⒃V狀遞交到法院，并支付適當?shù)脑V訟費用。法院將受理訴訟事務，并安排開庭審理，雙方將有機會陳述自己的立場和提供證據(jù)。

5. 開庭審理：在開庭審理過程中，需要充分發(fā)揮自己的證據(jù)以及法律觀點，通過庭審辯論和交叉詢問等方式向法院證明疾控中心違反了合同的約定，并捍衛(wèi)自己的權益。

6. 判決與執(zhí)行：經(jīng)過庭審后，法院將作出判決。如果判決有利于自己，疾控中心應按判決履行相關義務。如果疾控中心不履行判決，可以申請執(zhí)行，要求法院強制執(zhí)行判決內(nèi)容，保護自己的權益。

總之，起訴疾控中心合同糾紛需要明確自己的權益主張，并準備相關證據(jù)，咨詢律師并按照法律程序提起訴訟，最終通過庭審獲得判決，并進行執(zhí)行以維護自己的合法權益。