小院蓋廠房是否算違建取決于具體的地區(qū)規(guī)劃政策以及當?shù)氐姆煞ㄒ?guī)。一般來說，如果在非工業(yè)用地上擅自建造廠房，沒有獲得相關(guān)的建設(shè)許可證，就可以被認定為違建。

違建有可能引發(fā)一系列問題，包括但不限于以下幾點：

1. 違反規(guī)劃：每個地區(qū)都有相應(yīng)的土地規(guī)劃，目的是為了合理利用土地資源，保護環(huán)境和居民的利益。擅自在小院蓋廠房，可能違反了該地區(qū)的規(guī)劃政策。

2. 建設(shè)許可證：蓋廠房通常需要獲得相應(yīng)的建設(shè)許可證，才能合法建造。如果沒有獲得許可證，就屬于違法建筑。

3. 安全隱患：違建有可能沒有經(jīng)過合理的設(shè)計和施工，缺乏必要的安全設(shè)施和防火預防措施，存在安全隱患。

4. 擾民問題：如果蓋廠房在小院內(nèi)，可能會給周邊居民帶來噪音、污染等問題，影響居民的正常生活。

5. 法律責任：一旦蓋廠房被認定為違建，相關(guān)責任人可能會受到處罰，并需要拆除違建。

因此，如果您要在小院蓋廠房，最好事先了解當?shù)氐囊?guī)劃政策和法律法規(guī)，確?？梢院戏ńㄔO(shè)，避免違法違規(guī)的風險。