只有公章的合同糾紛起訴的程序可以按照以下步驟進(jìn)行：

1. 收集證據(jù)：首先，當(dāng)事人應(yīng)該收集所有與合同糾紛相關(guān)的證據(jù)，包括但不限于合同文本、郵件、通信記錄、支付憑證等。此外，還可以嘗試尋找其他證據(jù)來支持自己的主張。

2. 起訴準(zhǔn)備：當(dāng)事人需要準(zhǔn)備起訴書，明確列出雙方當(dāng)事人的身份和爭議的事實(shí)。在起訴書中，要闡明自己的權(quán)益和要求法院保護(hù)自己的合法權(quán)益。

3. 提起訴訟：當(dāng)事人應(yīng)該將起訴書提交給當(dāng)?shù)胤ㄔ?，并繳納相應(yīng)的訴訟費(fèi)用。同時，還需提供其他相關(guān)材料和證據(jù)，如合同副本、公章樣本等，以便法院進(jìn)行調(diào)查和審核。

4. 法院受理：一旦法院接收起訴書并確認(rèn)合格，法院將受理此案，并通知被告方。在公章合同糾紛中，由于公章代表了公司的意愿，法院可能會要求進(jìn)一步核實(shí)公章的真實(shí)性和合法性。

5. 庭審：法院將安排庭審時間，并通知雙方當(dāng)事人出庭。在庭審過程中，雙方可以陳述自己的意見和證據(jù)，并對對方的主張進(jìn)行質(zhì)詢。

6. 判決：法院將在考慮雙方的意見和證據(jù)后，做出判決。法院的判決可能是支持原告、支持被告或者部分支持原告的請求。雙方必須遵守法院的判決，并按照判決履行相應(yīng)的義務(wù)。

7. 申請執(zhí)行：如果被告方不履行法院的判決，原告方可以申請執(zhí)行，要求法院強(qiáng)制執(zhí)行判決結(jié)果。法院將會根據(jù)相關(guān)法律程序和規(guī)定，采取相應(yīng)的強(qiáng)制措施。

起訴只有公章的合同糾紛需要收集充分的證據(jù)，堅(jiān)守自己的合法權(quán)益，同時積極與法院合作，依法維護(hù)自己的合法權(quán)益。當(dāng)事人可以選擇請律師協(xié)助處理，以提高起訴的效果和成功的幾率。