掛靠經(jīng)營合同糾紛的管轄部門主要由雙方約定的法律管轄范圍、具體的法律規(guī)定和法院的審判權(quán)確定。

首先，根據(jù)《中華人民共和國合同法》第五章、第二十一條的規(guī)定，合同當事人可以自由約定選擇合同糾紛的管轄法院。即在簽訂合同時，雙方可以約定將合同爭議提交給特定的法院進行解決。雙方在合同中明確約定了管轄法院的，則按照約定的進行處理。

其次，如果雙方?jīng)]有明確約定合同糾紛的管轄法院，根據(jù)《中華人民共和國民事訴訟法》第二十五條規(guī)定，合同糾紛適用被告住所地、合同履行地或者合同標的物所在地的人民法院管轄。也就是說，根據(jù)被告的住所、合同的履行地或者合同標的物所在地可以確定管轄法院。根據(jù)具體情況，糾紛的性質(zhì)及習慣等，法院也會綜合考慮地位平等、便于當事人行使訴訟權(quán)利、便于合同糾紛的解決等方面因素，來決定最適宜管轄的法院。

另外，根據(jù)《最高人民法院關(guān)于適用《中華人民共和國合同法》若干問題的解釋》第三條的規(guī)定，對于地域特定的合同糾紛，可以按照所在地或者合同約定的人民法院管轄。例如，涉及房地產(chǎn)、土地、知識產(chǎn)權(quán)等特定領(lǐng)域的合同糾紛，可以根據(jù)相關(guān)法律規(guī)定和合同約定，由特定地區(qū)或者專門的法院進行管轄。

綜上所述，掛靠經(jīng)營合同糾紛的管轄部門主要由雙方約定、法律規(guī)定和法院審判權(quán)所確定。合同當事人可以在合同中約定選擇特定的法院，如果沒有約定，則根據(jù)被告的住所、合同履行地或者合同標的物所在地來確定管轄法院。同時，還要考慮合同的性質(zhì)和習慣以及地區(qū)特定的法律規(guī)定等因素。需要根據(jù)具體情況來判斷并選擇最適宜的管轄法院。