當(dāng)員工發(fā)生經(jīng)濟(jì)糾紛并涉及到公司利益時(shí)，公司應(yīng)該采取以下措施來解決問題：

1.收集證據(jù)：公司應(yīng)該詳細(xì)了解糾紛的具體情況，并收集相關(guān)證據(jù)，例如合同、支付記錄、通信記錄等。這有助于公司對(duì)糾紛進(jìn)行全面的評(píng)估，并為后續(xù)處理提供支持。

2.內(nèi)部調(diào)查：公司應(yīng)該進(jìn)行內(nèi)部調(diào)查來搞清楚糾紛的根本原因和責(zé)任方。在進(jìn)行調(diào)查時(shí)，應(yīng)保持公正和客觀，并盡量避免拖延處理時(shí)間。

3.與員工進(jìn)行談判：一旦收集到足夠的證據(jù)并確定責(zé)任方，公司應(yīng)與員工進(jìn)行談判，以嘗試解決糾紛。在談判過程中，應(yīng)該尊重員工的權(quán)益，并試圖找到一個(gè)互惠的解決方案，滿足雙方的合理需求。

4.尋求第三方調(diào)解：如果公司和員工無法在內(nèi)部解決糾紛，可以考慮尋求第三方的調(diào)解。第三方可以是勞工局、仲裁機(jī)構(gòu)或?qū)I(yè)律師等。第三方調(diào)解可以為雙方提供公正和中立的平臺(tái)，并幫助雙方找到一個(gè)公正的解決方案。

5.司法程序：如果以上方法都無法解決糾紛，公司可以采取法律手段來維護(hù)自身權(quán)益。公司可以起訴員工并提起訴訟，要求法庭判決員工返還所欠款項(xiàng)，并承擔(dān)相關(guān)的法律責(zé)任。

總之，當(dāng)員工發(fā)生經(jīng)濟(jì)糾紛時(shí)，公司應(yīng)盡快采取措施進(jìn)行調(diào)查和解決，以避免糾紛導(dǎo)致的進(jìn)一步損失和不良影響。同時(shí)，公司也應(yīng)根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)和勞動(dòng)合同保護(hù)員工權(quán)益，確保處理過程中的公正和合法性。