運輸合同糾紛的認定主要從以下幾個方面進行：

1. 合同履行情況：首先要查看雙方在合同中的權(quán)利義務，以及各自的履行情況。運輸合同的主要義務是貨物的安全運輸，如果發(fā)生貨物短缺、損壞或延誤等情況，需要判斷是哪方違反了合同條款。

2. 相關(guān)證據(jù)：在認定糾紛時，也需要查看雙方提供的證據(jù)材料，如裝運單、提貨單、收貨單等。這些證據(jù)可以用于確認運輸過程中的問題和責任歸屬。

3. 法律規(guī)定：根據(jù)《合同法》等相關(guān)法律法規(guī)的規(guī)定，可以判斷運輸合同糾紛的認定。比如，根據(jù)法律規(guī)定，承運人對貨物的安全負有義務，如果發(fā)生貨物丟失、損壞等情況，一般認定為承運人違反了合同。

4. 承運人的運輸責任：根據(jù)《貨物運輸法》等相關(guān)法律法規(guī)，承運人對貨物的運輸負有一定的安全責任。如果承運人未盡到安全運輸義務，導致貨物損壞或丟失，可以認定為承運人違反合同。

綜上所述，運輸合同糾紛的認定主要是通過查看合同履行情況、相關(guān)證據(jù)、法律規(guī)定以及承運人的責任來判斷的。需要充分考慮雙方的權(quán)利義務和證據(jù)材料，根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)來進行認定，以公平公正地解決運輸合同糾紛。