確定運輸合同糾紛的方法有以下幾種：

1. 查閱合同文件：首先要仔細閱讀運輸合同的相關(guān)條款和約定，包括貨物交付、運輸方式、費用結(jié)算等內(nèi)容，判斷雙方的權(quán)利和義務(wù)，確定是否涉及違約行為或違約責(zé)任。

2. 尋求專業(yè)意見：如有需要，可以咨詢專業(yè)律師或法律顧問，以了解相關(guān)法律規(guī)定以及訴訟程序，確保自己的合法權(quán)益被維護。

3. 協(xié)商解決：如果出現(xiàn)糾紛，首先應(yīng)該與對方進行協(xié)商，尋求和解的可能。協(xié)商過程中可以通過調(diào)解、仲裁等方式解決糾紛，避免訴訟的繁瑣和時間成本。

4. 提起訴訟：如果無法通過協(xié)商解決糾紛，可以向相關(guān)法院提起訴訟，通過司法程序解決爭議。在糾紛訴訟中，需要準備好相關(guān)證據(jù)，如合同文件、物流單據(jù)、通信記錄等，以證明己方的權(quán)益和違約情況。

總之，在確定運輸合同糾紛時，應(yīng)當從合同文件出發(fā)，結(jié)合相關(guān)法律規(guī)定和專業(yè)意見，采取適當?shù)慕鉀Q方式，確保自己的權(quán)益得到維護。