在船舶合同糾紛案件中，法院可以采取扣押船舶的措施來保全債權(quán)。下面是法院扣押船舶的程序：

首先，債權(quán)人（原告）需要提起訴訟，并向法院申請扣押船舶的保全措施。申請時，原告需要提供相關(guān)證據(jù)，證明存在債權(quán)以及債務(wù)人可能轉(zhuǎn)移或隱匿船舶的風(fēng)險。

法院會對申請進行審查，如果符合法定條件，法院則會作出扣押船舶的決定，并向被告發(fā)出扣押通知書。通知書上會注明船舶的名稱、位置以及扣押的原因。通知書一般由法院送達給被告和各相關(guān)當(dāng)事人。

一旦船舶被扣押，法院會委托拍賣機構(gòu)、擔(dān)保人或船舶管理機構(gòu)等對扣押的船舶進行管理和保管。這些機構(gòu)會對船舶的安全、維護和保險等方面負責(zé)。

在維持扣押期間，法院會繼續(xù)審理案件，并根據(jù)事實和法律規(guī)定做出最終的裁決或判決。如果原告勝訴，法院會采取相應(yīng)措施，如變賣扣押的船舶來滿足原告的債權(quán)要求。

如果被告敗訴，船舶扣押措施則可能會解除，被告可以通過支付債務(wù)或提供其他擔(dān)保來解除扣押。此外，如果扣押船舶的保全措施被證明是不合法的，被告還可以向法院申請解除扣押。

總之，法院扣押船舶合同糾紛的程序包括申請、審查、作出決定、發(fā)出通知書、委托管理和保管、繼續(xù)審理案件、最終裁決或判決以及解除扣押等環(huán)節(jié)。這個程序旨在保護債權(quán)人的權(quán)益，確保其能夠獲得有效的救濟。