合同糾紛補償損失應(yīng)當按照以下步驟進行入賬：

首先，根據(jù)糾紛的性質(zhì)及相關(guān)法律法規(guī)的規(guī)定，確定補償金額?？梢酝ㄟ^法院判決、仲裁裁決或相關(guān)協(xié)議等途徑確定補償金額。

其次，將補償金額記錄在企業(yè)的會計憑證上。補償金額的科目應(yīng)當根據(jù)具體情況來確定，一般可以選擇其他收入或其他業(yè)務(wù)支出科目。

然后，將會計憑證登記在企業(yè)的賬簿上。根據(jù)憑證的種類，相應(yīng)地登記在原始憑證冊或出納日記賬上。憑證應(yīng)當包括補償金額、摘要、日期、對方單位名稱等信息。

最后，根據(jù)會計憑證的登記情況，編制企業(yè)的財務(wù)報表。補償金額應(yīng)當納入相應(yīng)的資產(chǎn)負債表科目，以顯示企業(yè)的經(jīng)濟狀況和財務(wù)狀況。

需要注意的是，補償金額的入賬應(yīng)當符合相關(guān)法律法規(guī)的要求，尊重審計和稅務(wù)機關(guān)的意見，并遵循企業(yè)自身的會計制度和管理制度。此外，企業(yè)在處理合同糾紛時還應(yīng)積極尋求法律意見和專業(yè)建議，確保合規(guī)性和公正性。