土地承包合同糾紛一般由農(nóng)村土地管理部門負(fù)責(zé)處理。根據(jù)我國相關(guān)法律法規(guī)，農(nóng)村土地屬于國家所有，土地承包合同糾紛涉及土地權(quán)益的歸屬問題，因此由農(nóng)村土地管理部門負(fù)責(zé)處理。具體來說，各地的農(nóng)村土地管理部門可能有不同的名稱，例如農(nóng)業(yè)農(nóng)村局、縣農(nóng)村土地管理局等，但它們的職責(zé)都是管理和監(jiān)督農(nóng)村土地的合法使用和承包情況。當(dāng)出現(xiàn)土地承包合同糾紛時，當(dāng)事人可以向所在地的農(nóng)村土地管理部門提出申請，經(jīng)過調(diào)查核實后，該部門會根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)作出處理決定，保障土地合法權(quán)益并維護(hù)農(nóng)民利益。