在農(nóng)村蓋廠房被認(rèn)定為違章建筑時，應(yīng)該采取以下步驟：

1.了解具體違規(guī)原因：首先要弄清楚違章建筑的具體違規(guī)行為，比如超過建筑高度限制、未經(jīng)審批、占用農(nóng)田等。這有助于制定后續(xù)的解決方案。

2.咨詢相關(guān)部門：向當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)、城鄉(xiāng)規(guī)劃等部門咨詢，了解違章建筑拆除的相關(guān)要求、程序和政策。這些部門會提供具體的解決方案和指導(dǎo)。

3.積極配合相關(guān)部門：與相關(guān)部門進(jìn)行溝通，提供相關(guān)證明和手續(xù)，以便他們了解您的情況。同時，積極主動配合執(zhí)法團(tuán)隊進(jìn)行調(diào)查和勘察，確保事實清楚，避免產(chǎn)生誤解。

4.申請合法化：如果違建造成的破壞較小，可能可以申請合法化。根據(jù)當(dāng)?shù)氐恼?，您可以申請合法修改、調(diào)整建筑規(guī)劃，或是按照要求重新申請建設(shè)許可證。這需要您向相關(guān)部門提交申請，并提供相關(guān)證明材料。

5.拆除或整改：如果無法申請合法化，那么需要按照相關(guān)規(guī)定進(jìn)行拆除或整改。您需要與相關(guān)部門協(xié)商并制定一個合理的拆除或整改計劃。在執(zhí)行過程中，您需要積極配合，確保拆除或整改的順利進(jìn)行。

6.合法權(quán)益保護(hù)：在拆除或整改過程中，要時刻關(guān)注自己的合法權(quán)益。確保相關(guān)部門按照法律程序進(jìn)行執(zhí)法，并對財產(chǎn)進(jìn)行評估并獲得合理補(bǔ)償。如果有任何不當(dāng)行為，可以向相關(guān)部門進(jìn)行申訴。

總之，在農(nóng)村蓋廠房認(rèn)定為違章建筑時，應(yīng)該積極配合相關(guān)部門，了解具體情況，并依法進(jìn)行拆除或整改。遵循相關(guān)規(guī)定，與相關(guān)部門保持良好的溝通，可以最大程度地保護(hù)自己的合法權(quán)益。