企業(yè)員工合同糾紛的處理方式可以分為以下幾個步驟：

1. 協(xié)商解決：首先，雙方應當以溝通和協(xié)商的方式尋求解決合同糾紛的方法。雙方可以通過面談、書面信函、電話等方式進行溝通，了解對方的訴求和意見，尋求雙方都能接受的解決方案。

2. 調解：如果通過協(xié)商不能解決合同糾紛，可以尋求專業(yè)第三方的調解機構。調解機構可以根據(jù)雙方的陳述和證據(jù)，對糾紛進行客觀、公正的評估，并提出解決方案。雙方可以選擇接受調解結果，達成和解協(xié)議。

3. 仲裁：如果調解未能解決糾紛，雙方可以選擇通過仲裁解決。仲裁是一種非訴訟的爭議解決方式，由專門的仲裁機構或仲裁員主持，對糾紛進行公正、獨立的裁決。雙方可以根據(jù)合同中的仲裁條款選擇仲裁機構，進行仲裁程序。

4. 訴訟：如果仲裁未能解決糾紛或者雙方?jīng)]有約定仲裁條款，雙方可以選擇訴訟解決。受害方可以向人民法院提起訴訟，由法院根據(jù)事實和法律規(guī)定作出裁決。訴訟程序較長，費用較高，但對于復雜的糾紛或涉及重大利益的情況可能是必要的選擇。

在處理企業(yè)員工合同糾紛時，雙方應當盡量保持溝通和協(xié)商的態(tài)度，尊重對方的權益和合法利益，通過合法途徑尋求公正的解決方案。雙方可以尋求專業(yè)法律咨詢人員的幫助，理性分析糾紛的事實和證據(jù)，明確自己的權益和責任，從而更好地處理合同糾紛。