制種合同糾紛是指雙方因種植合同的履行出現(xiàn)分歧或爭議而導致的法律糾紛。解除制種合同糾紛的方法主要有以下幾種：

1. 協(xié)商解決：當雙方出現(xiàn)糾紛時，可以通過協(xié)商的方式解決。雙方可以找到一個中立的第三方進行調(diào)解，幫助雙方找到共同的利益點，達成一個互惠互利的解決辦法。

2. 仲裁解決：如果協(xié)商無果，可以選擇通過仲裁解決糾紛。雙方可以約定由具備相關(guān)資質(zhì)的仲裁機構(gòu)進行仲裁，仲裁結(jié)果具有法律效力，并且執(zhí)行起來相對較為方便。雙方應該按照仲裁裁決結(jié)果進行執(zhí)行。

3. 訴訟解決：如果協(xié)商和仲裁都沒有得到滿意的結(jié)果，雙方可以通過訴訟的方式解決糾紛。雙方可以向法院提起訴訟，由法院進行審理。法院會根據(jù)合同約定和相關(guān)法律進行判決，并且判決結(jié)果具有強制執(zhí)行力。

在解決制種合同糾紛時，雙方應該及時采取措施避免糾紛擴大化，避免對雙方的利益造成更大的損害。同時，雙方應該合理分工，盡量明確各自的責任和義務，以減少糾紛的可能性。最重要的是，雙方應該在簽訂合同之前，充分了解相關(guān)法律法規(guī)，確保合同的合法性和有效性，從而避免發(fā)生糾紛。