勞動合同糾紛的處理程序中，首先應該由勞動者和用人單位就合同糾紛進行協(xié)商解決。如果協(xié)商未果，勞動者可以向勞動爭議仲裁委員會或勞動爭議處理部門投訴或申請仲裁。以下是各部門處理勞動合同糾紛的具體情況：

1.勞動爭議仲裁委員會：勞動爭議仲裁委員會是負責處理勞動合同糾紛的法定機構。在中國，一般由各級勞動爭議仲裁委員會負責處理勞動合同糾紛。申請仲裁需要提交相關證據(jù)和申請書，然后由仲裁委員會進行調(diào)解或裁決。仲裁裁決具有法律效力，但雙方可以選擇不服后向人民法院提起訴訟。

2.勞動爭議處理部門：各地也設有專門的勞動爭議處理部門，負責處理勞動合同糾紛。這些部門一般由當?shù)貏趧颖Ｕ喜块T或人力資源社會保障局負責，具體名稱和組織形式可能因地區(qū)而有所不同。勞動者可以向這些部門投訴，提交相關證據(jù)，然后由部門調(diào)解或做出處理決定。

3.人民法院：如果勞動爭議仲裁委員會的裁決不被接受或一方不執(zhí)行仲裁裁決，雙方當事人可以向人民法院起訴。法院將依法審理勞動合同糾紛案件，最終做出判決并執(zhí)行。

在糾紛處理的過程中，可以自行或委托律師代理申請。根據(jù)《勞動爭議調(diào)解仲裁法》規(guī)定，勞動者在提交仲裁申請或向法院起訴前不需要支付費用，而用人單位如果敗訴需要承擔一定的仲裁費用或訴訟費用。

總體來說，勞動合同糾紛的處理程序主要包括協(xié)商、仲裁和訴訟三個階段，其中仲裁是常見的糾紛解決方式。根據(jù)《勞動合同法》，雙方也可以選擇向勞動爭議處理部門投訴，或直接向人民法院起訴。無論選擇哪個部門處理糾紛，都應堅持公正、公平、公開的原則，保障勞動者的合法權益。