勞動合同糾紛公司可以采取以下幾種方式進行抗辯：

1. 事實抗辯：公司可以證明勞動合同糾紛所指控的事實并不屬實，或者存在未被考慮的情況。例如，公司可以提供相關(guān)證據(jù)證明員工在勞動合同中違反了約定的行為，從而合法地終止了勞動合同。

2. 法律抗辯：公司可以根據(jù)勞動法律法規(guī)，爭議解決程序或法院判例，提出法律依據(jù)進行抗辯。例如，公司可以依法主張自由裁量權(quán)，證明自己的行為符合法律規(guī)定并合法合理。

3. 解釋抗辯：公司可以對勞動合同或相關(guān)文件進行合理解釋，以證明自己的行為符合雙方共同理解和達成的意思表示。例如，公司可以解釋勞動合同中的條款確實存在爭議，但雙方在約定中有明確的意思表示或約定的解釋。

4. 證據(jù)抗辯：公司可以提供相關(guān)證據(jù)證明自己的行為符合勞動法律法規(guī)和合同約定。例如，公司可以提供簽署了勞動合同的證據(jù)、薪資支付記錄、出勤記錄等，以證明自己已經(jīng)按照合同約定履行了義務(wù)。

5. 和解抗辯：公司可以與員工協(xié)商和解，通過達成雙方滿意的補償或其他形式的協(xié)議來解決糾紛。這有助于避免長期訴訟過程，并能保護公司的聲譽。

需要注意的是，具體的抗辯方式應(yīng)根據(jù)具體情況和糾紛的實質(zhì)來確定，建議公司在遇到糾紛時及時咨詢律師，并確保合法權(quán)益得到保護。