申請工程合同糾紛的仲裁需要進(jìn)行以下步驟：

1. 查閱合同：仔細(xì)閱讀工程合同的條款，確保存在違約或糾紛的情況，并明確雙方的權(quán)益和義務(wù)。

2. 協(xié)商解決：嘗試與對方進(jìn)行友好協(xié)商，尋求解決糾紛的妥當(dāng)方式。如果協(xié)商無果，可以進(jìn)一步申請仲裁。

3. 選擇仲裁委員會(huì)：根據(jù)雙方的約定或相關(guān)法律規(guī)定，選擇一個(gè)有資質(zhì)的仲裁機(jī)構(gòu)或仲裁委員會(huì)。

4. 編寫申請書：向選定的仲裁委員會(huì)提交申請書，詳細(xì)說明糾紛的事實(shí)和主張，并附上必要的證明材料。

5. 繳納仲裁費(fèi)用：根據(jù)仲裁機(jī)構(gòu)的規(guī)定，繳納相應(yīng)的仲裁費(fèi)用。

6. 仲裁程序：一旦申請被接受，仲裁程序?qū)㈤_始。雙方將被要求提供證據(jù)、參加聽證會(huì)，并接受仲裁委員會(huì)的調(diào)解或裁決。

7. 仲裁結(jié)果：仲裁委員會(huì)將根據(jù)雙方的陳述和提供的證據(jù)作出最終的裁決。該裁決具有司法效力，雙方均需履行。

需要注意的是，每個(gè)國家或地區(qū)的仲裁申請程序可能有所不同，以上內(nèi)容僅供參考。建議在實(shí)際操作過程中，根據(jù)當(dāng)?shù)氐姆煞ㄒ?guī)和仲裁機(jī)構(gòu)規(guī)定進(jìn)行相應(yīng)的申請。