合同糾紛工程款的處理方式主要有三種：協(xié)商解決、仲裁和訴訟。

首先，協(xié)商解決是最常見的方式。雙方可以通過協(xié)商商定解決方案，例如對價(jià)格進(jìn)行調(diào)整、分期支付、降低要求等等。在協(xié)商解決中，雙方可以充分交流，盡量達(dá)成共識(shí)，既可以減少糾紛的時(shí)間和成本，又可以保持合作的關(guān)系。

其次，仲裁是一種不需要訴訟的糾紛解決方式，一般由雙方約定在合同中。仲裁機(jī)構(gòu)由獨(dú)立的專業(yè)仲裁員組成，對爭議進(jìn)行審理并作出調(diào)解或者仲裁裁決。仲裁一般效率較高，可以減少繁雜的法律程序，但雙方必須遵守仲裁結(jié)果。

最后，訴訟是指將爭議提交法院處理。雙方可以選擇向相關(guān)法院提起訴訟，由法官進(jìn)行審理并作出判決。訴訟一般需要較長的時(shí)間和較高的成本，但在一些情況下，如果雙方無法通過其他方式解決爭議，訴訟可能是唯一的選擇。

綜上所述，處理合同糾紛工程款可以采取協(xié)商解決、仲裁或者訴訟的方式。具體的處理方式應(yīng)根據(jù)實(shí)際情況來決定，雙方應(yīng)積極尋求解決方案，維護(hù)雙方的權(quán)益，確保糾紛能夠妥善解決。最好的辦法還是在簽訂合同之前，雙方應(yīng)盡可能詳細(xì)地規(guī)定各項(xiàng)條款，以避免糾紛的發(fā)生。