合同糾紛起訴公司員工的程序如下：

1. 收集證據(jù)：在起訴之前，你需要收集和保留所有與糾紛相關(guān)的證據(jù)，包括合同、郵件、通信記錄、簽名、支付單據(jù)等文件。這些證據(jù)將在法庭上支持你的主張。

2. 與員工協(xié)商：在正式起訴之前，你可以嘗試與公司員工進行協(xié)商，尋求解決糾紛的方法，例如協(xié)商調(diào)解。如果協(xié)商不成功，你可以繼續(xù)進行起訴程序。

3. 起訴準備：起訴公司員工需要編寫起訴狀，詳細說明糾紛的事實和主張，并根據(jù)相關(guān)法律條款提出請求。你需要咨詢律師，以確保起訴狀符合法律要求，并指導(dǎo)你完成其他起訴準備工作。

4. 提起訴訟：將起訴狀提交給法院，并根據(jù)法院的規(guī)定繳納起訴費用。法院將會為你安排開庭時間。

5. 庭審和判決：在庭審期間，你可以提供證據(jù)和證人以支持你的主張，并對對方進行質(zhì)詢。法官將根據(jù)你提供的證據(jù)和法律規(guī)定作出判決。判決可能包括賠償、解雇員工、追究員工法律責任等。

6. 執(zhí)行判決：如果你獲得勝訴，你需要向法院申請執(zhí)行判決，以確保對方執(zhí)行法院的判決。執(zhí)行過程中可能需要采取進一步的法律措施，例如凍結(jié)對方的資產(chǎn)、申請查封等。

需要注意的是，在起訴公司員工之前，你應(yīng)該先了解當?shù)氐姆沙绦蚝鸵?guī)定，并咨詢專業(yè)律師的意見，以確保你的權(quán)益得到保護。