員工與公司之間發(fā)生合同糾紛時，可以按照以下步驟處理：

1. 公司內(nèi)部溝通：首先，員工可以與公司的人力資源部門或管理層進行溝通，說明問題的具體情況，嘗試解決糾紛。如果問題可以得到解決，就可以避免進一步的法律糾紛。

2. 調(diào)解與仲裁：如果公司內(nèi)部的溝通無法解決問題，員工可以將糾紛提交給勞動爭議調(diào)解仲裁委員會或相關(guān)部門，請求進行調(diào)解或仲裁。該部門將根據(jù)雙方提供的證據(jù)和陳述，進行公正的仲裁，并作出裁決，以解決糾紛。

3. 法律訴訟：如果調(diào)解或仲裁無法解決糾紛，員工可以考慮向法院提起訴訟。在起訴之前，員工需要準備好相關(guān)證據(jù)，如合同、工資單、通知書等，以支持自己的主張。

4. 尋求法律援助：如果員工在法律訴訟中需要法律援助，可以尋求專業(yè)的勞動法律師的幫助。勞動法律師可以給予法律建議，幫助員工了解自己的權(quán)益，并提供專業(yè)的法律服務(wù)。

5. 遵守法律程序：在訴訟過程中，員工需要遵守法律程序，并按照法院要求提交相關(guān)證據(jù)和參加庭審。如果員工獲得勝訴，法院可能會下達判決，并要求公司履行合同義務(wù)或支付相應(yīng)的補償。

總之，員工與公司合同糾紛的解決需要依法進行，并在合適的時機通過合適的渠道進行溝通、調(diào)解、仲裁或訴訟。合同糾紛的處理過程可能較為復雜，因此建議員工在處理之前充分了解相關(guān)法律規(guī)定，或?qū)で髮I(yè)法律人士的幫助。